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如：肠激酶和肌激酶，从字面看，很似来源不同而作用相似的两种酶，实际上它们的作用方式截然不同。又比如：铜硫解酶和乙酰辅酶A转酰基酶实际上是同一种酶，但名称却完全不同。

鉴于上述情况和新发现的酶不断增加，为适应酶学发展的新情况，国际生化协会酶会推荐了一套系统的酶命名方案和分类方法，决定每一种酶应有系统名称和习惯名称。同时每一种酶有一个固定编号。系统命名酶的系统命名是以酶所催化的整体反应为基础的。例如一种编号为“3.4.21.4”的胰蛋白酶，个数字“3”表示水解酶；*二个数字“4”表示它是蛋白酶水解肽键；*三个数字“21”表示它是丝氨酸蛋白酶，活性位上有一重要的丝氨酸残基；*四个数字“4”表示它是这一类型中被指认的*四个酶。规定

1926年，哪种酵素效果好，美国科学家萨姆纳（J.B.Sumner，好喝的酵素，1887—1955）从刀豆种子中提取出脲酶的结晶，并通过化学实验证实脲酶是一种蛋白质。

20世纪30年代，科学家们相继提取出多种酶的蛋白质结晶，并指出酶是一类具有生物催化作用的蛋白质。

1982年，美国科学家切赫（T.R.Cech，1947—）和奥尔特曼（S.Altman，1939—）发现少数RNA也具有生物催化作用，并将其命名为ribozyme。

1986年，Schultz和Lerner研制成功酶(abzyme)。

按酶的化学组成单纯蛋白质

属于单纯蛋白质的酶类，除了蛋白质外，不含其他物质，如脲酶、蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶和核糖核酸酶等

缀合蛋白质

属于缀合蛋白质的酶类，除了蛋白质外，还要结合一些对热稳定的非蛋白质小分子物质或金属离子，前者称为脱辅酶，后者称为辅因子，脱辅酶与辅因子结合后所形成的复合物称为全酶，即全酶=脱辅酶+辅因子。按存在形式前体酶原

有些酶如消化系统中的各种蛋白酶以无活性的前体形式合成和分泌，酵素，然后，酵素果汁，输送到特定的部位，当体内需要时，经特异性蛋白水解酶的作用转变为有活性的酶而发挥作用。